子宮腺肌病病因至今不明。目前的共識是因為子宮缺乏粘膜下層，因此子宮內膜的基底層細胞增生、侵襲到子宮肌層，并伴以周圍的肌層細胞代償性肥大增生而形成了病變。而引起內膜基底層細胞增生侵襲的因素現有幾種理論：
①與遺傳有關；
②子宮損傷，如刮宮和剖宮產均會增加子宮腺肌病的發生；
③高雌激素血癥和高泌乳素血癥；
④病毒感染；
⑤生殖道梗阻，使月經時宮腔壓力增大，導致子宮內膜異位到子宮的肌層。
多次的妊娠以及分娩時候，子宮壁會創傷以及引起一些慢性的子宮內膜炎，而除外之外，會因為子宮內膜的基底膜下會缺乏一些粘膜的下層，而且子宮腺肌病經常還會合并一些有子宮肌瘤以及子宮內膜增生的過長，那么和一些高雌激素刺激也是有關系的。
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