1、影響卵巢功能：研究表明，子宮內膜異位患者的卵泡和黃體細胞上的LH受體數量明顯少于正常婦女，出現卵泡發育不足或排卵障礙，引起不孕。
2、影響盆腔環境：受孕本身也是個非常復雜的過程，人體經過一系列精確的調節，使盆腔環境達到合適受孕的標準。而異位的子宮內膜會改變盆腔內的環境，不利于精卵結合，患者自然就無法懷孕。另外，異位生長的子宮內膜會傷害人體組織，造成盆腔器官粘連、輸卵管扭曲變形等，導致排卵、受精卵著床和受精卵輸送等任何一個環節出問題，患者都無法懷孕。
3、引起自身免疫反應：子宮內膜異位癥患者體內B淋巴細胞會產生一種抗子宮內膜抗體，這種抗體會干擾早期受精卵的輸送和著床，同時腹腔內因為子宮內膜異位病灶的存在而引起大量的巨噬細胞的聚集，這種巨噬細胞可以吞噬精子和干擾受精卵細胞的分裂，從而導致不孕。
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