低位肛瘺離肛門、肛管非常近，或其只有一個口。低位肛瘺感染的灶非常淺，甚至于低位肛瘺發病時間也很短，在一個月甚至兩個月之間。
高位肛瘺可能其發病的時間很長，半年以上甚至三個月以上。高位肛瘺可能距離肛緣，即肛門很遠，最遠的可能有4公分、5公分，其肛管感染的部位非常高，甚至其感染灶可能在齒狀線以上。
高位的肛瘺和低位的肛瘺主要是依靠肛瘺位置、感染程度、發病時間長短來區分的。
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