肛瘺手術后肛門部位處于污染創面，污染創面在傷口急性炎癥期會持續時間比較長，而急性炎癥期一般在肛門部位是1-2周。由于肛門的新鮮創面是在開放狀態，由于糞水的污染，排便的影響，炎癥的刺激，新鮮創面表面會先經過去腐生肌的過程。隨著急性炎癥期度過2周以后肛門傷口滲出、滲液這種膿性分泌物就會大大的減少，可以看到肛瘺的創面會出現比較新鮮的、鮮紅的肉芽。
但如果肛瘺是在伴隨膿腫的狀態下完成的手術，因為膿腫、壞死組織、引流以及去腐生肌的過程會變得延長。而且有些肛瘺手術需要做掛線，在肌肉深處的組織、壞死組織引流，時間可能會變得更長。
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