吞咽困難的檢查主要是針對引起吞咽困難的原發基礎疾病的檢查。一般的檢查包括我們血液的檢查、包括咽喉部內鏡的檢查，也就是電子喉鏡的檢查，詳細檢查鼻咽喉以及這些上氣道的部位，看看有無急性的炎癥、腫瘤，以及其他疾病比如咽喉部運動障礙性的疾病。
其次要用內鏡檢查一下食道胃部，尤其是食道以發現有無食道癌、食道憩室等引起吞咽困難的疾病。還有一個我們需要進行一些影像學方面的檢查，包括攝片、CT、磁共振等方面的檢查。神經系統方面的檢查，主要是針對的一些神經肌肉性疾病進行檢查，發現有無軟腭麻痹，有無中樞性的疾病導致神經支配障礙，也就是肌肉的癱瘓等方面的檢查。
總之臨床上的檢查是很多種的，目的主要是發現引起吞咽困難的原發性的疾病，從而進行相應的治療。
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