黃體功能不全的治療主要有兩種：一種是用激素作補充治療，即缺少什么激素就補充什么激素;另一種是用藥物來刺激黃體療法。此外，對于血中催乳激素太高引起的黃體功能不全則需用降低血催乳激素的藥物。
常用的藥物為：
1.孕激素：一般在排卵后或基礎體溫升高以后1~3天，每天肌肉注射12.5毫克孕激素，一直用到下次月經來潮，若不排卵，則下一月經周期重新開始治療，如經過三個周期仍未懷孕，需再作子宮內膜活檢以決定是否需要增加劑量。
2.雌激素：在排卵后開始，每天服雌二醇0.5毫克，連續7一。適用于子宮內膜活檢，證明為間質發育落后型內膜。
3.絨毛膜促性腺激素：在預定排卵日后2~3天開始，每隔一天肌肉注射絨毛膜促性腺激素5000單位，共3~5次，連續注射三個周期為一療程。一般注射后次日血中孕激素水平就升高，可促進黃體功能。
4.克羅米芬：對腦垂體功能不足引起的黃體功能不全有效。
5.澳隱亭：對血液中催乳激素高的病人有效。
6.甲狀腺素：適用于甲狀腺功能減退的病人。
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